Руководство учреждением осуществляет директор на основании Устава. Учредителем образовательного учреждения является Администрация Аннинского муниципального района Воронежской области. Функции и полномочия Учредителя осуществляет Отдел образования, опеки и попечительства администрации Аннинского муниципального района Воронежской области.

В учреждении создана и работает первичная профсоюзная организация районной профсоюзной организации работников образования.

Формами самоуправления учреждения являются:

• Общее собрание трудового коллектива.
• Управляющий совет.
• Педагогический совет.

В соответствии с Лицензией МКУДО "Аннинская СЮТ" осуществляет образовательную деятельность по фактическим адресам.